A candidíase pode, em casos mais avançados de AIDS, se aprofundar e atingir a corrente sanguínea e se alojar em órgãos como fígado, intestino, pulmão, entre outros, causando doença sistêmica, mas as micoses profundas mais comuns, apesar de raras são a histoplasmose e a criptococose.
Não existe uma lesão característica destas infecções, que podem se apresentar como pequenas pápulas (lesões elevadas na pele), semelhantes a picadas de inseto ou a lesões de molusco contagioso, ou como úlceras de tamanhos e formatos variados.
Normalmente estas infecções ocorrem acompanhadas de sintomas sistêmicos como febre (sem causa aparente) e emagrecimento. Sendo assim um indivíduo com febre a esclarecer, que apresente algumas lesões na pele inespecíficas, deve sempre ser submetido à biópsia. As vezes é necessário que se faça biópsia de mais de uma lesão, pois não é raro termos mais de uma infeção associada, principalmente nos pacientes com grande grau de imunodeficiência.
O tratamento deve ser sempre sistêmico, por via oral ou venosa, que dependendo do caso podemos iniciar com itraconazol para os casos de histoplasmose, e fluconazol para criptococose. Nos casos mais graves, ou em que o paciente está impossibilitado de deglutir, podemos utilizar o fluconazol venoso (criptococose) e a anfotericina B ( para ambas as infecções)
